Dựa theo huyền thoại, đồng thời căn cứ hình dạng Hán tự từng ghi trên bao tài liệu cấu tạo bằng nhiều chất liệu, đủ khẳng định rằng trong tên Thiên Mụ, ngữ tố "Thiên" có nghĩa là "Trời".

Năm 1862, dưới thời vua Tự Đức, để cầu mong có con nối dõi, nhà vua sợ chữ "Thiên" phạm đến Trời nên cho đổi từ "Thiên Mụ" thành "Linh Mụ" (hay "Bà mụ linh thiêng").

Vấn đề kiêng cữ như đã nêu chỉ diễn tiến từ năm Nhâm Tuất (1862) cho tới năm Kỷ Tỵ (1869). Sau đó, người dân thoải mái gọi hai tên: chùa Thiên Mụ và chùa Linh Mụ.

Vì rằng từ "Linh" đồng nghĩa với "Thiêng", âm người Huế khi nói "Thiên" nghe tựa "Thiêng" nên khi người Huế nói "Linh Mụ", "Thiên Mụ" hay "Thiêng Mụ" thì người nghe đều hiểu là muốn nhắc đến ngôi chùa này.

Một số người còn đặt tên cho chùa là Tiên Mụ (hay "Bà mụ thần tiên"). Cách gọi này không được giới nghiên cứu chấp nhận.